Ao contrário da Cegonha branca Ciconia ciconia, esta espécie selecciona áreas de floresta contínua com pouca perturbação, com abundantes rios, ribeiros, açudes ou charcas. Estas zonas húmidas são também escolhidas para concentrações pós-nupciais, estando a Cegonha preta completamente dependente da qualidade destas zonas húmidas para sobreviver.